De Rooyse Wissel hecht veel waarde aan onderzoek en diagnostiek. Onderzoek en diagnostiek worden gebruikt om informatie te leveren aan behandelaars, maar ook om de behandeling van patiënten te verbeteren door nieuwe inzichten. Hierbij wordt gebruik gemaakt van verschillende psychologische tests en wetenschappelijke instrumenten.

Uitgangspunt voor de onderzoekers is dat gedrag van patiënten veranderbaar is. Via observatie, diagnostiek en risicotaxatie wordt het gedrag van patiënten steeds in kaart gebracht. Om te meten of het gedrag van tbs-patiënten daadwerkelijk verandert, gebruikt de Rooyse Wissel de Behavioural Status Index (Best-Index). Via de Best-Index worden directe agressie, obstructief gedrag, inzicht en inzet, herkenning van spanning, coping-vaardigheden, nonverbale-, verbale- en sociale communicatie, zelfverzorging en functioneren tijdens werk en ontspanningsactiviteiten gestructureerd geobserveerd. Deze informatie wordt gebruikt bij elke vergadering over de voortgang van de patiënten.